水箱中已形成的水垢直接影響到柴油發電機組的冷卻效果，應及時清除。其清洗方法有兩種：
一、用酸堿清洗劑清除，清洗劑的配制與使用方法如下表，對于鋁合金氣缸蓋的發動機，不能用酸堿性較大的清洗劑，可用表中第四種清洗劑。
二、用壓力水沖洗
1、放出冷卻水箱的冷卻水，拆下散熱器進出水管，氣缸蓋出水管，節溫器，然后裝回氣缸出水管。
2、用壓力不超過3kgf/cm2的清水從氣缸蓋出水管灌進，沖洗水套，將積垢排除，直到水泵流出的水不渾濁為止。
3、從散熱器出水管處將水沖入，排除水垢，直到加水口流出不渾濁的水為止。

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