柴油發電機組在工作過程中，柴油機氣缸內混合氣體燃燒后的溫度以及排氣溫度都非常高。如果不進行冷卻，柴油機的各部件將會達到很高的溫度，從而使金屬材料的強度下降，甚至會發生變形或者損壞。過高的溫度還會使機油變質，失去潤滑作用。同時，溫度過高還會導致進入汽缸的空氣密度減小，致使柴油機功率下降。所以，柴油機的整個系統必須進行冷卻。
玉柴yc12vc系列柴油機冷卻系統屬強制閉式循環水冷卻系統，冷卻液應采用防凍防銹冷卻液。采用高低溫水分開冷卻，低溫水冷卻兩個中冷器、機油冷卻器，高溫水冷卻氣缸體與氣缸蓋，高溫水出水溫度控制在75℃~95℃,機油溫度控制在80℃~110℃較適宜，冷卻系統原理圖見下圖。
冷卻系統原理圖
水泵及風扇、散熱器、機油冷卻器是冷卻系統的主要部件。發動機運行時，由曲軸正時齒輪通過左右惰齒輪分別驅動高低溫水泵，帶動水泵葉輪轉動，冷卻液在水泵離心力作用下產生一 定的壓力，從水泵出口處流出。高溫水泵壓出的冷卻液進入氣缸體、氣缸蓋的冷卻水套，冷卻液在冷卻氣缸體、氣缸蓋后至出水總管，經節溫器后流入散熱器。有自動控制溫度功能的節溫器裝在出水管端部，當冷卻液溫度大于75℃時，節溫器開啟，當冷卻液溫度大于85℃時，節溫器全開，此時冷卻液全部進入散熱器，再流回至水泵。若冷卻液溫度小于75℃,無需經散熱器散熱冷卻而直接流至水泵重新走冷卻循環。低溫水泵則冷卻兩個中冷器與機油冷卻器，然后回到散熱器進行散熱。
安裝于出水總管前端的三個并聯節溫器,在使用過程中不要輕易把節溫器拆掉，以免影響柴油機的正常工作狀態。
在冬季氣溫降到0℃以下，而又無保溫措施且停止工作時，冷卻系中的水便會凝結成冰，水結成冰后體積發生膨脹，會發生機體、水箱、缸蓋和水泵等冷卻系部件被撐裂的情況，因此最好給冷卻系加注防凍液。
冷卻系統使用時注意:
a.4個不同功率機型高低溫水散熱功率不同，需要匹配不同散熱面積的水箱。推薦采用冷卻水塔或帶電風扇的水箱散熱。
b.水泵結構的可靠性 主要取決于水封，在使用時常檢查水泵下部泄水孔是否漏水，若漏水(往往在運轉時并不而停機后才漏)，說明水封已損壞,應予修復或更換。
c.水泵進水口與散熱器之間的管路應選用剛性較好的膠管或鋼管，以免被吸扁。

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